Σοκαριστική η περιγραφή για τις τελευταίες του στιγμές πριν εκείνος περάσει στην αιωνιότητα της κόρη του, Μαργαρίτας.
«Στο τέλος της ζωής του ήταν πολύ δύσκολα, πολύ δύσκολα. Για 20 μέρες υπέφερε, δεν ήθελε να ζήσει άλλο. Τελικά τελείωσε το πρωί. Τα πνευμόνια του δεν λειτουργούσαν. Και αυτό που θέλω να πω είναι να μην ξεχάσουμε τον μπαμπά. Ηταν καλός άνθρωπος, σπουδαίος άνθρωπος, αγωνιστής, μεγάλος καλλιτέχνης με ωραίες μελωδίες και πολύ αγώνα, πολύ αγώνα και πολλές θυσίες. Αυτός ήταν ο μπαμπάς.
Κάθομαι εδώ και είναι σαν να κοιμάται και τον χαϊδεύω και τον νανουρίζω. Είναι ήρεμος, έκλεισαν τα μάτια του και δεν το πιστεύω. Δεν μπορούσε να μιλήσει τις τελευταίες μέρες, ήταν σε πολύ δύσκολη κατάσταση, ήθελε να πεθάνει, να τον σκοτώσουμε, να βρούμε μια ένεση. Είχε πολύ μεγάλο πρόβλημα. Δυστυχώς πέθανε οδυνηρά. Είπαμε να κάνουμε ένα λαϊκό προσκύνημα την επόμενη εβδομάδα στη Μητρόπολη», ανέφερε χαρακτηριστικά η Μαργαρίτα Θεοδωράκη.
Η κηδεία του κορυφαίου Ελληνα μουσικοσυνθέτη θα γίνει στο Βραχάτι, μετά το τριήμερο λαϊκό προσκύνημα στη Μητρόπολη Αθηνών (από την Τρίτη έως την Πέμπτη), όπου θα ψαλεί και η νεκρώσιμος ακολουθία. Μετά την πάροδο τριετίας, η σορός του Μίκη Θεοδωράκη θα μεταφερθεί στον Γαλατά Χανίων, όπως ήταν και η τελευταία επιθυμία του.